Enkhuizen, in der Region Westfriesland, war eine der Hafenstädte der VOC, ebenso wie Hoorn und Amsterdam, von wo aus der Überseehandel mit Ostindien betrieben wurde. 1355 erhielt sie die Stadtrechte. Mitte des 17. Jahrhunderts war Enkhuizen auf dem Höhepunkt seiner Macht und war eine der wichtigsten Hafenstädte der Niederlande. Aus verschiedenen Gründen, insbesondere der Versandung der Häfen, verlor Enkhuizen jedoch seine Position an Amsterdam. Heute setzt Enkhuizen die maritime Tradition fort und verfügt über einen der größten Yachthäfen der Niederlande.
Hier befindet sich auch das Zuiderzeemuseum, ein Freilichtmuseum, das das Leben in den Dörfern rund um die Zuiderzee im Laufe der Geschichte widerspiegelt. Die meisten Gebäude des Museums stammen von anderen Orten in den Niederlanden, wie Purmerend und Amsterdam.
Den Anstoß zur Gründung des Zuiderzeemuseums in Enkhuizen gab eine Ausstellung, die um 1930 im Park entlang des Deichs stattfand. In dieser Zuiderzee Visscherij Tentoonstelling (Südseefischerei-Ausstellung) wurden Papphäuser und kostümierte Einheimische aus der ganzen Zuiderzee ausgestellt.
Die Pläne für ein Museum wurden mit steigender Kriegsgefahr (und späterem Ausbruch) auf Eis gelegt. Im Sommer 1949 wurde im Drommedaris, dem Wehrturm aus dem 16. Jahrhundert im Hafen, die erste Ausstellung eingerichtet; Dies war die Geburtsstunde des Innenbereichs des Museums.
Aufgrund des Erfolgs dieser Ausstellung erwarb das Zuiderzeemuseum Lagerhäuser am Wierdijk (einschließlich des Peperhuis) von der Saatgutfirma Sluis und Groot für den symbolischen Betrag von 1 Gulden. Die niederländische Regierung übernahm schließlich diese Gebäude und restaurierte sie und unterhält sie bis heute.